Первое упоминание о Костанайском филиале найдено в областном архиве и приходится на 1941 год, где учреждение именуется Управлением уполномоченного комитета стандартов мер и измерительных приборов при Исполнительном Комитете Кустанайского областного Совета депутатов трудящихся с ограниченной сферой деятельности – надзор за состоянием средств измерений и осуществление поверочной деятельности.В 1955 году учреждение переименовалось в «Кустанайскую государственную контрольную лабораторию по измерительной технике Комитета стандартов мер и измерительных приборов», а в 1968 году в – «Кустанайскую областную лабораторию госнадзора за стандартами и измерительной техникой (ОЛГН) Казахского Республиканского Управления Госстандарта СССР».

В 1993 году с выходом закона РК «О стандартизации и сертификации» был создан орган по сертификации и к работам по поверке средств измерений и стандартизации добавились услуги по сертификации продукции. В 1998 году была создана и аккредитована лаборатория филиала по сертификационным испытаниям пищевой и сельскохозяйственной продукции.

В 2003 году филиал получил право проводить работы по сертификации систем менеджмента качества на соответствие международному стандарту ISO 9001. В этом же году филиал одним из первых в республике получил сертификат соответствия системы менеджмента качества международному стандарту ISO 9001.

В 2017 году в филиале аккредитована калибровочная лаборатория.

48 специалистов филиала аттестованы в государственной системе технического регулирования Республики Казахстан в качестве экспертов-аудиторов по подтверждению соответствия продукции, услуг, систем менеджмента, экспертизе происхождения товаров. 27 сертификатов специалистов аттестованых в государственной системе обеспечения единства измерений Республики Казахстан в качестве поверителей средств измерений, 1 из которых имеет звание «Заслуженный метролог Республики Казахстан», 5 специалистов отдела поверки аттестованы в государственной системе обеспечения единства измерений Республики Казахстан в качестве технических экспертов в области обеспечения единства измерений по проведению аттестации испытательного оборудования.

Основная цель деятельности филиала – оказание практической и методической помощи хозяйствующим субъектам по вопросам стандартизации, метрологии, сертификации (подтверждения соответствия), экспертизы происхождения товаров, экспертизы качества зерна и продуктов переработки.