Hачало истории филиала относится к 7 февраля 1931 года, когда в Шымкенте Постановлением Горсовета было открыто отделение Казахской Краевой поверочной палаты мер и весов, которое «должно было осуществлять контроль за продукцией сельского хозяйства и местной промышленности и вести надзор за законностью и верностью измерительных приборов, ремонтом и изготовлением их, правильностью применения на практике и снабжении ими потребностей народного хозяйства». Штат отделения состоял из 2-х человек для осуществления поверки специальных измерительных приборов, в первую очередь, весоизмерительных, а спустя время и манометров, вакуумметров, счетчиков электрической энергии.

1950 – 1980  – годы смены названий, адресов, численности будущего Южно-Казахстанского филиала АО «НаЦЭкС». В 80-е годы основная деятельность филиала была направлена на повышение уровня качества товаров и услуг. Специалисты филиала принимают непосредственное участие в разработке и внедрении на предприятиях области комплексных систем управления качеством продукции (КС УКП) и повышения эффективности производства (КС ПЭП), участвуют в комиссиях по аттестации продукции на государственный Знак качества, в создании госприемки на предприятиях.

Начало 90-х годов – основной упор в работе госинспекторов по надзору за стандартами был сделан в сторону надзора за соблюдением обязательных требований стандартов, особенно при производстве и реализации продуктов питания, товаров народного потребления.

В 1993 году с вступлением в силу закона Республики Казахстан «О стандартизации и сертификации» появляется новый вид деятельности – сертификация. Основной целью которой стало обеспечение безопасности продукции для жизни и здоровья человека, охраны окружающей среды. В этом же году в филиале создаётся отдел сертификации, начинает строиться новый инженерный корпус, что в дальнейшем позволило улучшить производственные условия работы сотрудников, открыть испытательную лабораторию, повысить качество обслуживания клиентов.

Сегодня филиал является самым крупным и старейшим предприятием области в сфере оказания услуг по стандартизации, метрологии и подтверждению соответствия, основной задачей которого является удовлетворение потребностей региона в оказываемых услугах. В 2004 году в филиале была разработана и внедрена система менеджмента качества по международному стандарту ISO 9001.

Достижение высокого качества оказываемых услуг, удовлетворяющих требования и ожидания потребителя – цель, для достижения которой в филиале имеется все необходимое. Это аттестаты аккредитации на право проведения 6 видов метрологических работ, поверки и метрологической аттестации по 14 видам (из 17) измерений, подтверждению соответствия продукции, услуг и систем менеджмента. В филиале укомплектован справочно-информационный фонд (СИФ) нормативных и правовых документов по номенклатуре выпускаемой продукции в регионе. При оказании услуг специалисты филиала всегда помогут клиенту сориентироваться в информационном и правовом поле.

В настоящее время в филиале работают эксперты-аудиторы по подтверждению соответствия продукции (услуг) – 17, системам менеджмента – 8, экспертизе происхождения товара – 2 и 25 специалистов в области метрологии, имеющих квалификацию поверителей средств измерений, часть из которых имеют стаж работы в системе Госстандарта более 20 лет.

Филиал приглашает хозяйствующие субъекты любой формы собственности к сотрудничеству и гарантирует качество оказания услуг. Гарантом этому служат традиции, сложившиеся в филиале за более чем 80 – летний опыт персонала в области стандартизации и метрологии, наличие необходимого поверочного и испытательного оборудования, укомплектованный справочно-информационный фонд нормативных документов, включая документы Таможенного союза.